Dalam penyelenggaraan program studi Farmasi Diploma Tiga direncanakan untuk menjalin kerjasama dengan beberapa instansi, baik instansi pemerintah maupun swasta. Beberapa mitra kerjasama yang telah ada serta yang akan diselenggarakan dengan instansi pelayanan kesehatan meliputi Apotek, Rumah Sakit, Puskesmas.
Kerjasama tersebut diwujudkan dalam bentuk MoU. Instansi yang telah memiliki hubungan kerjasama dengan program studi Farmasi Diploma Tiga adalah :
- Apotek Kimia Farma kota Madiun dan kota Ngawi
- Apotek Bali Medika kota Madiun
- Apotek Mitra Husada kota Magetan
- Apotek Asih kota Madiun
- Apotek Cito kota Madiun
- Rumah Sakit Santa Clara
- Rumah sakitGriya Husada
- Rumah SakitAt-Tin Husada Ngawi
- Pukesmas Jiwan
Dalam pertemuan antara program studi Farmasi Diploma Tiga dengan pihak Rumah Sakit Griya Husada madiun di Hotel Aston pada tanggal 14 Maret 2018 hubungan baik antara kedua belah pihak diharapkan dapat terus terjalin dan nantinya ada tindak lanjut dengan kerjasama yang lebih baik lagi.